自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起，艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉，艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。但是，在严酷的战斗中，艾伦自己也变成了巨人。为了人类的自由，艾伦施展着巨人的力量，并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中，艾伦最终胜出了。即便如此，艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群，人类将如何面对？
一名有沟通障碍，却被众人称为救世主的内向少年，驾驶一架具备自主意识的大型机器人，跟随宇宙战舰离开地球，踏上消灭银河怪兽的旅程。不料却在最终决战时意外落败，当下大型机器人决定启动自爆机能，并利用逃生舱将少年送回地球。只不过当少年平安抵达地球后，映入眼中的竟是一片雪白、毫无生机的结冻地球……
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
故事发生在遥远的未来，彼时，地球已经被人类所制造的污染破坏殆尽，更有污染产生了邪恶怪兽横行占领了人类的生存空间。无奈之下，人类只能移居到了拥有独立意识的“自律型移动都市”之中，而这些都市之间，则为了争夺少之又少的资源而展开了激烈的争斗。 在学院都市洁儿尼中发生了一场骚乱，刚刚入学就读于普通教育系的新生雷冯（冈本信彦 配音）在混乱之中展现了自己出色的应变和战斗的能力，因此被学生会长发掘，转入了武技系，更获得了加入都市护卫第十七小队的资格。外冷内热沉默寡言的菲丽、恪尽职守坚韧强悍的妮娜、个性轻浮但十分可靠的夏尼德，这些奋战在前线的伙伴们，为了守护他们赖以生存的都市，甘愿付出血的代价。
