魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
路人高中生结城宏机缘巧合得到了一部究极进化的RPG游戏“极·QUEST”。据说这个一部集结了技术的精华，“将现实还原至极”的游戏。视觉上的设计、NPC的举动、草木的味道和轻抚肌肤的风……所有的元素都仿佛现实。 结城宏则是要将这个太还原现实导致很难通关的“超麻烦”游戏攻破，关卡众多，但身体能力都和现实一样，被揍了会疼、被砍了受伤了也不是几天就能治好的，而报酬只有满足感…… 这么麻烦的游戏，4月开始攻略吧！
缩短距离，构筑关系的日常。 高中生和美少女的同居生活。 因为悲惨的家庭环境，对男女关系持有封闭价值观的二人约定对彼此不抱期待。 一个渴望爱而努力，不懂撒娇的沙季和作为她的哥哥却感到迷茫的悠太。 殊途同归的二人，渐渐相识相知…… 不知何时会亲情变质的故事…… 素昧平生的男女互相接近并彼此改变的恋爱物语。
