桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
17岁少女绀野真琴是一个活泼跳脱的少女。在一次普通值日工作中，真琴不小心摔倒了，自此她发现自己拥有了穿越时空的能力。她兴奋不已，掌握了穿越时空的方法后，她经常用这个方法去解决生活中许多令她困扰十分的事。 喜欢棒球的真琴与同班的两名男生千昭与功介有着共同爱好。一天，与她本是好朋友的千昭突然向她表达爱意，手足无措了她再次穿越时空希望可以躲避这件事的发生。但没想到，千昭会跟同学友梨在一起了，而友梨也是一直喜欢千昭的。此时，暗恋功介的果穗误以为真琴是功介的女友。 为了帮忙解决朋友的问题，真琴不断以同样的方法回到过去。她突然发现自己手臂上的数字原来是穿越时空的次数，次数变得越来越少，与此同时她也发现了千昭的秘密……
