1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处，总会出现拥有特殊能力的“能力者”……！等待着岩元的各种怪奇事件与“能力者”们。向这些“能力者”递出前往学园的“推荐信”的岩元，其真正的意图究竟是……？怪奇与超自然现象，以及“能力者”的存在——揭开他们时代帷幕的浪漫奇谭，就此开幕！
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
女羽毛球部的成员猪股大喜暗恋女子篮球部的鹿野千夏学姐。他望着学姐每天自主练习时认真的身影心动不已，但随后却发现了意想不到的事情……!? 路途漫漫，情意绵绵。青春恋爱故事，在此开幕。
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阿斯特拉艾亚的山丘上，建有三家女子学校。圣米雅特尔女子学园（圣ミアトル女学园）、圣斯毕卡女子学院（圣スピカ女学院）、圣露·莉姆（圣ル·リム女学校）女子学校。而且，在那片土地的尽头是三家学校共用的宿舍----草莓宿舍。阿斯特拉艾亚的山丘…那里是不允许男子踏入的神圣领域…
因为某些事情而被编入圣米雅特尔女子学园四年级（由于初高中统一教育，其实相当于高中1年级）的渚砂心中充满了对新校园生活的期待与不安。
在入学第一天与所有人都憧憬的“Etoile”（法语中为“星星”的意思。艾特瓦尔是作为管束3校的学生会一切的存在，在3校的学生中位于至高点具有无比的权利与威望，与此同时也负担着沉重的责任与义务）的花园静马相遇。在被其美貌深深吸引的瞬间，身体不由自主地无法动弹了。另一方面，静马温柔地注视着如此的渚砂，并伸出双手渐渐靠近渚砂的脸庞，然后…！
年级和学校各不相同却蕴含各种各样回忆的只有少女的百合校园生活。在如此秘密的花园中发生的事情，你是否也来窥探一下…
