ゾイドとは、銀河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。 惑星が最後を迎え、人類は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不慮のタイムワープで、突如、21世紀の地球にゾイドが出現。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変動で地球は一度滅びた。 レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発した。
日本国中女生铃木夕梨被咒术牵引至纪元前的赫梯帝国，并长期遭受娜姬雅王后的追杀，目的在于以她为祭品咒杀凯鲁王子。在凯鲁的庇护与指导下，夕梨从误打误撞开始学习成长，到最后能够与王太后在政治舞台上一较高下，其强大的行动力以及敏锐卓越的决策能力，被凯鲁和部下认定为唯一的王后人选。历经凯鲁登基为王、放弃回日本、多次被掳、流产以及政治斗争之后，娜姬雅终于自王宫中被排除，由夕梨登上后位继承达瓦安娜的名号，与凯鲁两人共同创造盛世。
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有一天，小行星熊玛利亚星在宇宙的某处爆发，成就一群坠落地球的流星，使地球各处的熊发生异变。熊大举进食人类，人类再报以还击，结果造成没有战果和充满仇恨的恶性循环，直至两边不约而同筑起断绝之墙，期望以后互不侵犯……一天早上，呼啸山庄学园的学生——椿辉红羽和泉乃纯花，在学园的百合花坛里一同看见百合之花。二人于是成就“既为朋友，亦为恋人”的关系，并将花坛视为最重要的地方。就在此时，熊警报突然响起，揭示对方再度入侵人类世界，准备陷入混战。揭示这些熊的真实身份和目的之时，新谜题的出现带来新一波的怒涛，揭开背后华丽的每一幕……
