作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连续发生杀人事件，被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案……
未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
商纣时代，殷德衰微。子受辛荒淫无道，残害忠良。妖魔鬼怪喷涌而出，奸佞之徒横行世间，巍巍帝国随时有崩塌的危险。在陈塘关，总兵李靖的夫人一朝分娩，从肉团中生出了本领高强的哪吒。哪吒成长的过程中经历了无数的考验，也消灭了许多的妖怪和害人精，期间和石矶娘娘的战斗最为惊心动魄。另一方面，姜子牙跟随元始天尊学艺昆仑，他满师下山，恰巧赶上西伯侯姬昌被商纣王囚禁。纣王日夜宠信狐狸精变化的妲己娘娘，令国家黑白颠倒，危在旦夕。在风雨飘摇的时节，各路豪杰术士相继出马，上演了神怪大战的千古好戏…… 本片根据许仲琳的的古文小说《封神演义》改编。
