作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连续发生杀人事件，被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案……
《Classicaloid》讲述了住在依靠音乐振兴城市的某城镇中的高中生歌苗和奏助的面前，突然出现了贝多芬和莫扎特！这个自称为“Classicaloid”的可疑二人组所演奏的音乐“Musik”中有着奇妙的力量……星辰降落，巨大机器人出现，他们每天都过得紧张刺激。随后，巴赫、肖邦、舒伯特等Classicaloid也接连出现。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
