《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事 大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
纪元前，在中国西方的秦国，年轻的千人将·信曾与已故的好友有着「天下的大将军」这一共同的梦想，而至今仍以此为目标。 此时，秦国成功攻陷了军事上最重要的据点山阳，并由此向中华统一又迈进了一步。但，对于可能改写七国势力图的这一手感到危机感的赵国天才军师·李牧，以楚国宰相·春申君为总大将，楚、赵、魏、燕、韩、齐六国兴起合纵军，开始进攻秦国！ 面对前所未有的危机，秦国集结所拥有的全部武力，迎击合纵军！！
这是一个神族、魔族和人类混居的世界，久而久之，人们竟然也习惯了这种不寻常的生活。故事发生在国立巴贝那学园之中，土见禀（杉田智和 配音）是一位平凡的少年，童年时期的悲惨遭遇令他早早失去了父母，目前寄宿在青梅竹马芙蓉枫（后藤邑子 配音）的家中，两人每天一同上课放学，彼此之间感情十分要好。
迪尔（冈本信彦 配音）是一位小有名气的冒险者，拥有冷静的头脑和强健的体魄，以及无量的前途。一次偶然中，正在执行讨伐魔兽的任务的迪尔，在森林里邂逅了脏兮兮又可怜巴巴的女孩拉缇娜（高尾奏音 配音），虽然拉缇娜是魔族的后代，但是迪尔不忍心看到她孤身一人无家可归，于是决定收养她。就这样，拉缇娜成为了迪尔的养女。拉缇娜的存在让深藏在迪尔体内的父性彻底的爆发了。而善良可爱的拉蒂娜也很快就交到了好朋友——拥有领袖气质的克洛伊（桑原由气 配音）、外表年幼内心成熟的希尔维亚（高野麻里佳 配音）、正直勇敢的鲁迪（田村睦心 配音）。
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里斯提亚国偏僻乡村领地的下级贵族——奥恩斯坦家住着一对姐弟。 姐姐玛丽是一个非常喜欢接受父亲练习剑术的活泼女孩。弟弟席恩是个腼腆的男孩子，他非常喜欢呆在房间里看书。虽然两人性格完全相反，但在温柔的父母的守护下，和睦地生活着。 有一天，席恩问父亲“魔法”这个东西在这个世界上是否存在。但是，即使是作为贵族有一定教养的父亲，也不知道“魔法”这个词本身。更何况，席恩所说的“从火、水、风、光等元素各种各样的东西”的现象，在这个世界上是不可能存在的…… 从那一天开始，席恩就显得很失落。但是，有一天，在和姐姐玛丽一起去的湖里，他目睹了“宛如魔法般”的不可思议现象—— “现在放弃还为时过早。如果没有魔法，自己做就好了！” 席恩开始研究魔法，一边将周围的人卷入其中一边稳步前进。飞出的火焰，奔跑的闪电——一切都是为了使用前世所憧憬的“魔法”！
十年前，世界因为谜之大破坏现象而开始毁灭，与此同时出现了被称为“Order”的能力者们，他们是将自身的“愿望”转化为“能力”的人。而男主角“星宫エイジ”也是能力者之一，而他在十年前许下的愿望，正是“世界的灭亡”！？这是——由世界灭亡开始的故事。
