《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事 大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
该剧主要围绕于愤世嫉俗的疯狂科学家瑞克·桑切斯和他容易受挫折的外孙莫蒂·史密斯在自己的生活和其他异空间穿梭的奇妙冒险。
故事发生在圣夜学院中，亚梦（伊藤加奈惠 配音）是校园里有名的“刺头”，因为她不仅外表凶狠凌厉，有时说话还十分毒舌。然而，这却并非真实的亚梦。亚梦其实十分胆小害羞，她不过是用强硬的外在作为伪装，将其变成能够自我保护的堡垒罢了。 终于有一天，亚梦再也无法忍受生活中旁人对她的诸多误会和误解了，她决定改变，亚梦向“守护灵”祈愿，希望自己的愿望能够成真。让亚梦没有想到的是，第二天，她的床上竟然多了三只守护蛋，守护蛋里装着的，是三名可爱善良的“守护甜心”——小兰（阿澄佳奈 配音）、美琪（加藤奈奈绘 配音）和小丝（丰崎爱生）。在他们的帮助下，亚梦能否重塑自己的形象呢？
木陀螺王云晓虎是一个开朗活泼、热情好胜的小学生，他一直痴迷于陀螺比赛，并且屡败屡战。他一直不知道一身老农打扮的爷爷是传说中的七大圣兽陀螺高手之一，除了爷爷所拥有的哮天虎外，还有追风豹、金刚甲都已经成为了背信弃义而拥有野心巴斯的抢夺目标。
“一直…想和你接触”——王子×竞争者。 本应该争夺女主角的……不知为什么王子瞄准了我…！？ 转生到小说世界的罗尼尔，本来是阻碍故事主角恋爱道路的“碍事角色”，很好地把握了自己的立场，为了不因妨碍而定罪，拼命地避开英雄王子埃里克……没想到王子竟然沉迷于罗尼尔！？ “明明是新手，却很容易有感觉，多么可爱的身体啊……”在拒绝的时候，却被当成了欲拒还迎—— 诶……为什么和小说不一样呢！？
次郎是光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而倾尽心血的产物，但是作为一个有自主意识的人造人，次郎的思维装置——良心回路在完成的时候出了问题。人类害怕次郎，因为次郎可以不断学习，最后超越人类；而机器人也讨厌次郎，因为拥有良心回路的机器人更加接近人类。并且，有良心回路的机器人是可以拒绝命令的，这更是让次郎被人类和机器人两边都排斥的原因。 在于基路教授战斗中，次郎一边通过战斗学习促使良心回路成长，一边寻找光明寺博士的下落。这时，自称次郎的弟弟的人造人三郎为了确认自己存在的意义而向次郎发起了挑战，而让次郎无法还手的利用就是，冷酷的基路教授把光明寺博士的脑放在了三郎体内！！
