天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
千叶县立总北高中的新生小野田坂道（山下大辉 配音）是一个地地道道的动漫宅男，他身形瘦小，貌不惊人，动漫元素占据了他的脑瓜。无奈初中时代没遇到任何同好，好不容易升上高中，却发现梦寐以求的动画研究部因人数太少而废部。这个与周遭格格不入最喜欢蹬着自行车前往45公里外的宅男圣地秋叶原购买新出的游戏和手办，在人烟稀少的坡道上哼唱动漫主题歌是他无比惬意的时刻。偶然机缘，他结识了为打败宿敌御堂筋翔而艰苦训练的自行车竞技选手兼同级生今泉俊辅（鸟海浩辅 饰），其骑着淑女车轻松爬坡的样子令后者大为震惊。看似没有任何优点的小野田，以此为契机加入了高手云集的自行车竞技部，全新的青春之门为他打开…… 本片根据渡边航的同名原作改编。
曾经热爱唱歌的坂井和奏（高桓彩阳 配音）在母亲去世后就此紧闭了双唇，愧疚和悔恨一直折磨着她脆弱的灵魂，这也导致本来在年音乐特长班的她转到了普通班。一次偶然中，和奏认识了同班同学宫本来夏（瀬户麻沙美 配音），来夏对音乐的热爱感染了和奏，也唤起了她对于音乐久违的热情。冲田妙羽（早见沙织 配音）的出现彻底奠定了和奏重拾音乐的决心，合唱部应运而生。 随着维也纳转学生前田敦博（花江夏树 配音）的出现，合唱部的人气达到了顶峰，有了音乐的每一天，和奏都和伙伴们快乐的渡过着，母亲坂井真昼（大原沙耶香 配音）给和奏带来的困扰也逐渐的转化为了生活的动力。
21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
