四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
友引高中2年4班的学生诸星当，堪称史上最好色的男子，虽然有青梅竹马的阿忍，但他仍然四处搭讪，为了美女命都可以不顾。某天外星鬼族入侵地球，鬼族首领要求双方各派出一名代表，通过赛跑决定地球的命运。一向厄运缠身的阿当成了当之无愧的中彩者，鬼族则派出首领的女儿——身穿比基尼，吊眼梢，会飞会放电的小美女拉姆。这场重要的比赛最终以阿当获胜告终，而拉姆却爱上了这个不着调的对手。从此，他们的命运被紧紧联系在一起，也由此引发了一系列神奇、爆笑、感人的小故事……
辰南一行人离开东褚国，拜师入学神岚学院，协同梦可儿等人共同探寻邪道破灭道的真相，同时辰南自身的身世秘密逐渐浮出水面。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
废柴少年苏九被天降神石“星源”砸中，从一个没有任何修炼资质的普通学生，成为新一任星源之主。万界的两大超级美女幽亦寒和沈梦雪，也为追寻“星源”而来，二人以躲避仇家的名义强势借住，并为了招揽苏九进入自家宗门，暂时达成协议，共同教导苏九修炼。谁知，拥有“星源”的苏九修为进步飞快，远超出二女想象。
吹奏乐竞赛京都府大赛。 在那里漂亮地取得金奖的北宇治高中吹奏乐部， 向着下一个舞台·强豪云集的关西大赛发起挑战……！
