四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
孤儿女孩凌清捡到了一个弃婴，取名凌风，从此姐弟相依为命。凌风发现自己是玻璃脉，为了保护姐姐加强锻炼，结果意外暴毙。凌风进入了梦境发现自己原来是神武大陆武圣奇才，误饮了封印多年的太一真水，结果惨烈自焚，离奇重生武道变成玻璃脉的废材，醒来发现自己经脉都痊愈了。姐姐凌清患了寒冰魄，必须需要融血丹才能治愈。 为此凌风报考了灵武学院，经过选拔凌风获得选拔第一名，拜入美女炼丹师云梦门下学习炼丹。凌风有炼丹天赋，半个月后就成为了初级炼丹师。凌风体内有太一真水，武功修为成长也很快。学院跟莫云宗交流战，灵武学院弟子被莫云宗
海野凪与天野绘里香。这对同日出生的男女，自婴儿时期便被调换了人生轨迹。在定食屋之子与酒店大亨千金的不同环境中成长的两人，在养父母与亲生父母的共同建议下，缔结了未婚夫妻的约定。当这对同居生活刚拉开序幕时，同学濑川弥、追寻哥哥而来的海野幸等人也被卷入其中。未婚妻、暗恋对象、没有血缘的妹妹——围绕凪展开的错位"四角关系"尚未理清，初恋的青梅竹马又将登场！？人生与爱恋激烈碰撞！这场从"调换人生"开始的"五角关系"爱情喜剧，就在这个夏天，命运之轮将迎来更剧烈的转动！
特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。
