故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
某一天，地球上出现了不明来由的RR病毒，将世界卷入灾难之中。受到感染的动物变异成为可怕的怪兽，大举入侵，人类面临毁灭之际筑起了围墙，成立基地市作为人类最后的堡垒。人类在这一段时间经历的磨难，被称为“大涅槃时期”。在极端的生存环境下，人类的体能也在逐渐地进步发展，尚武之风兴起，人类的身体素质相比以前有了质的飞越。而这其中的佼佼者，被称为“武者”。 18岁的罗峰也梦想着成为其中的一员。此时的他即将高考，正面临着人生十字路口的抉择，却不料怪兽的一次袭击影响了他的人生轨迹。在强大怪兽的威胁之下，市内居民面临危险，军方却束手无策。唯有一名武者挺身而出，保卫了基地市的安全。罗峰被武者的强大所感染，暗自立下成为武者以保护所爱之人的决心。这是一切的开始，罗峰武者之路的起点，也拉开了他传奇人生的序幕。 罗峰立志成为武者，前路却并不平坦，他首先要面对的便是外部环境无形中对他施加的影响。罗峰家庭条件不佳，生活拮据，父母无法给予他更多帮助，只能依靠自己的努力。最终，在不断的艰苦磨砺下，罗峰不断发掘自身潜能，得到了能力提升和自我价值的认可。不仅如此，罗峰不仅扛起了供养家庭的重担，还为了守护人类家园、为了人类更好的生存与发展，与其他正义的武者们一起，联手对付凶恶怪兽。在末日绝境之下，罗峰与其他武者们能否击退怪兽、成功守护人类世界？
叶家废柴少主叶凡丹田被废，受尽屈辱，在遍尝人间冷暖以后，获得了虚假的记忆与强大的力量，仍坚守本心，最终踏上拯救苍生的旅途。
距离“天人五衰”企图的消灭国家的计划还剩6天。
救援车队的成员们开启了在大自然中的全新救援之旅。他们在崎岖的山路上展开营救行动，深入森林扑灭熊熊林火，还勇敢地潜入浩瀚的海洋，营救被困的居民。每一次任务，都是对勇气与智慧的考验。在野外救援中，救援车队的伙伴们凭借扎实的知识和技能，多次救出被困的同伴。在与自然的亲密接触中，他们还结识了许多动物朋友，并学会了与它们和谐相处。消防车闪闪曾怀着帮助爸爸寻找啄木鸟并拍照的热忱在森林中探索，却因一时的粗心差点破坏了啄木鸟的栖息地。经过一番波折，包括闪闪在内的所有队员都认识到，人类的活动不应惊扰动物的家园，保护自然环境是每个人的责任。救援车队的伙伴们不仅在救援中展现勇气，还在环境保护中发挥智慧。当湿地与海洋的生态环境面临威胁时，他...
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
“希望你能帮我制作迷情药” 隐居在湖畔的魔女萝赛，从她暗恋的骑士哈利玖口中听到了这句话。 他心里挂念着别人，而非自己——面对这一现实，萝赛失恋了。 即便如此，她依然无法拒绝他的委托。 心想哪怕只在迷情药完成前的这段时间里能和他待在一起也好，萝赛将这份苦涩的爱恋深藏心底，度过着每一天。 哪怕明知这是一场无望的单恋，这份心意也无法抹去。 这是一位笨拙的家里蹲魔女×一位爱照顾人又一本正经的骑士。 以迷情药为契机交织而成的，令人揪心的恋爱物语。
2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー・夜坂泉だった。しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。 監視官の霜月美佳は、執行官・宜野座伸元らとともに夜坂送還のため青森へ向かう。 そこで待っていたのは、〈偽りの楽園〉だった。
