故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
少女们投身战斗 为了重要的同伴！ 一直在相互争斗、来自5个异世界的来访者「Z/X」缔结了休战条约，人类因此回避了灭亡的危机。 主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的Z/X·利盖尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学园」。 在这所学园中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？
A cartoonist in Rome with his armadillo-for-a-conscience reflects on his path in life and a would-be love as he and his friends travel outside the city.
