数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
「抜けさせてもらう！」―― 赤魔道士のユークはそう啖呵を切って、5年間在籍したAランクのパーティ「サンダーパイク」を離脱した。彼は、他のメンバーから過小評価、否、バカにされていたことに耐えきれず、ついにその地位を捨てたのだ。 パーティを探していたユークはマリナ、シルク、レインという元教え子3人と再会し、彼女たちのパーティに加入した。「先生」と慕ってくれる彼女たちに励まされ、ユークはその規格外の魔法力とスキルを存分に発揮し、マリナたちの能力を見事に引き出すことで次々にクエストを達成。そして、配信用魔法道具（アーティファクト）「キャメラット君」による“冒険配信”を通じて、パーティ「クローバー」は世間に名を馳せていく。 そんな「クローバー」の夢は最難関迷宮【無色の闇】の踏破。それを叶えるため、様々な迷宮（ダンジョン）に挑戦するが、徐々に世界を揺るがす混沌へと巻き込まれていく――
