数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
每天过着社畜生活的上班族佐佐木，唯一的慰藉就是常去超市的收银员山田。某天疲惫不堪的他再次前往超市寻求治愈，却发现山田刚好不在。郁闷的他试图通过抽烟缓解压力，却怎么也找不到吸烟区，还被路人投以嫌弃的目光。就在这时，一位穿着奇特的田山女士把他带到了超市后面一起抽烟。从此，他便经常跑来和田山一起吞云吐雾、谈天说地。然而这位田山女士的真实身份竟然是......
「お前、あと一年で死ぬよ」 十七歳の誕生日を迎えた見習い魔女のメグ・ラズベリーは、魔法の師匠であり、魔法界トップの七賢人に名を連ねる『永年の魔女』・ファウストから、突如として余命一年であることを告げられる。 メグは『死の宣告』の呪いにかかっていたのだ。 呪いによる死を免れる方法はただ一つ。手にした者に不死をもたらす、『命の種』を生み出すこと。 そして、『命の種』の材料となるのは、感情の欠片――人が喜んだ時に流す、嬉し涙。 「それで、一体どれくらい涙を集めればいいんですか？」 「千人分だ」 「……はい？」 こうして、メグは嬉し涙を集めるため、様々な人たちと関わっていく。 幼馴染みで大親友のフィーネ。 ファウストと同じ七賢人の一人――『英知の魔女』・祈。 メグと同い年にして七賢人に名を連ねる天才少女、『祝福の魔女』・ソフィ。 これは、余命一年を宣告された未熟な魔女、メグ・ラズベリーが起こす、奇跡の物語。
位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!!
