交锋联盟…那是所有斗士梦寐以求的顶点之战。 现在，就在这个瞬间，在各个『战区』中，赌上交锋联盟出场权的热血预选赛正如火如荼地展开。其中一个战区『GGG』，也正在开展预选赛『机巧一族杯』，斗士们利用自己引以为傲的机械装置展开激斗。 获胜的关键在于和队友们的联机，以及战略。 能够轻松挥舞巨大机械装置的少女“板手G 莲琪”所率领的「涡流」，也是其中一支追梦的队伍。但是，在热斗正酣之时，一位神秘的少女闯了进来。这一次邂逅，将会逐渐改写莲琪、涡流以及GGG的命运！
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
残酷的地下格斗继续进行着。 王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？
