新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境。
时值19世纪末，大不列颠盛世的伦敦—— 莫里亚蒂伯爵家长子‧艾伯特非常厌恶深植于这国家的阶级制度。而在结识了家中从孤儿院收养来的一对兄弟后，他决定推动净化世界的壮阔计划。名侦探夏洛克‧福尔摩斯的宿敌·莫里亚蒂教授背后不为人知的故事正式揭幕！
老天師找全性報仇，秒殺
