新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
坐在久世政近邻桌的艾莉同学，看政近的目光总是很冷淡。 然而她又时不时地用俄语向他表露心意…… 而这些话语从未被政近错过。 原来，政近其实有着母语级别的俄语听力！！ 艾莉同学对此一无所知，时不时地说着真心话。 政近明明能听懂她的心意，却要装作听不懂。 令人止不住嘴角上扬的恋爱故事究竟会如何发展？！
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
