故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
60年前，前所未有的“不眠症”袭向这个世界。无法睡着的人们在精神上一个接一个的生病。自杀、严重的暴力事件也因此频频发生，而变成一个重大的社会问题。虽然状况随着新药剂的开发，而渐渐的安定下来。但因为药剂有副作用，也因此造成20亿人的发病，间而诞生「嗜血种」这样的新生命体。之后，“嗜血种”与人类之间的战争爆发, 虽然最后以人类方的胜利收场，但是残留下来的嗜血种却还是存在于这个世界上….。最终，人类凭着人造血液及被称为“D-GPS”的嗜血种管理系统，来保障嗜血种的生存权利。 这个故事，是在人类与嗜血种共存为日常生活的舞台上进行的。
