故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……
不思议的风吹翻了书的页数，不应绽放的古木樱花开花的那一天，通往异世界的门打开了。寻找著与自己失散了的朋友的苍真，进入了一个居住着兽人和有怪兽在四处徘徊的奇幻世界。 在这个世界，苍真得到可以知道对方思想的“心剑”，成为了一个“心剑士”而且得到力量。不过，这个传说中的心剑士身处的世界，有三个不同的国家，而兽人就是其中一个。不知不觉中，苍真也跌入了这场充满阴谋旋涡的国家领土的纠纷和战乱中。必须紧紧握着手中的“心剑”，在战场中奋战。 但是，苍真在战场与敌国的心剑士相遇了，那是熟悉的身影，正是找寻已久的挚友。握著能知道对方心思的剑的少年们，描写出一个触动人心的物语。
在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
