数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
King Sombra曾经统治小马国边缘的水晶王国，带来了无尽的苦难。后来他被塞拉斯迪亚公主和露娜公主联合击败，变成阴影，并被放逐。 一千年后，King Sombra卷土重来，想要重新统治水晶王国。大公主希望暮光闪闪一行去保护水晶王国，免受King Sombra的再度袭击。他们克服重重困难和阻挠，去保护水晶王国，并让那里再度恢复生机。
