随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。 为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。
故事发生在名为青鞜三之宫学院的学校里，这是一所校风非常严谨的学校，崇尚男卑女尊的风气，在学校里，所有的苦活累活都是男生做的，女生天生就站在食物链的顶端。不仅如此，学校里亦拒绝聘用男教师。 天和响（岸祐二 配音）是刚刚从大学毕业的热血青年，鼓足了劲想要在教育界大展拳脚。为了付清房租，天和响必须在三之宫学院找到一份工作，在房东老太太的建议之下，他决定男扮女装，潜入学校之中。最终，天和响顺利的得到了体育老师的工作，但这只是一切的开始，等待着他的，除了无尽的问题和挑战外，还有对他虎视眈眈的校长。
坂井知季（梶裕贵 配音）是一名初中二年级的学生，因为在童年时代偶然看到了富士谷要一（樱井孝宏 配音）精彩绝伦的跳水姿势而对这项运动产生了兴趣。进入中学后，知季加入了学校的跳水队，和他一起挥洒汗水的，有沉默寡言不善言辞的冲津飞沫（中村悠一 配音）、好胜心极强性格非常坦率的大广陵（逢坂良太 配音）和头脑冷静略微有些神经质的丸山礼次（内山昂辉 配音）。 一天，队里来了一位名叫麻木夏阳子（名冢佳织 配音）的新教练，她告诉队员么，如果跳水队无法得到参加奥运会的资格的话，就将面临解散的命运。
1999年2月，杀人鬼回来了！ 1995年在日本发生的连续猎奇杀人事件，因嫌疑人遇到车祸住院而草草结案。如今疯狂的犯罪再次出现，恐怖的气氛来袭，原嫌疑人的嫌疑被洗清，到底谁才是这一系列事件的凶手？ 解决都市不可思议事件的伽蓝堂的成员开始展开调查，两仪式准备以自己的匕首结束这一切。但决战之前，黑桐干也发现犯人居然是自己旧日所识！ 在友情与正义相混淆的世界中，干也到底要如何抉择？
