小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
鲍勃是一个超人特工，他惩恶扬善，深受街坊邻里的爱戴。“不可思议”先生就是他的光荣外号。他和另一个超人特工“弹力女超人”相爱，两人结婚后过上平静的生活。 15年过去了，鲍勃已经像普通人一样生活，当上了保险公司的理赔员。然而他心中还是有着技痒之时。当他知道有发明家要展开攻击超人特工队、毁灭人类的计划，鲍勃终于按捺不住了。他要重出江湖，挽救人类护卫地球。但中年的超人已经大腹便便，他和敌人的斗争充满了悬念。鲍勃的妻子也跟丈夫一起投入到这场艰巨的战争中。
个性开朗同时又成熟稳重的阿红（小松未可子 配音）和弟弟清次（夏木淳弥 配音）过着相依为命的生活，两人共同经营着一件名为出云屋的古董店，店里所售卖的，全部都是有着上百年历史的老古董，时间的精华凝聚在这些古董上，使得这些看似普通的物品上被附着了名为“付丧神”的灵体，而这些付丧神们，会帮助将它们买回家的主人们解决遇到的种种问题。 沉默寡言性格非常冷漠的野铁（奈良彻 配音）、如同满月一般圆润，性格古板而又认真的月夜见（仲野裕 配音）、老成而又稳重的五位（平川大辅 配音）、美艳不可方物的公主（明坂聪美 配音），这些付丧神们在人类的悲喜前展现出了他们对于人生的不同见解。
故事发生在名为青鞜三之宫学院的学校里，这是一所校风非常严谨的学校，崇尚男卑女尊的风气，在学校里，所有的苦活累活都是男生做的，女生天生就站在食物链的顶端。不仅如此，学校里亦拒绝聘用男教师。 天和响（岸祐二 配音）是刚刚从大学毕业的热血青年，鼓足了劲想要在教育界大展拳脚。为了付清房租，天和响必须在三之宫学院找到一份工作，在房东老太太的建议之下，他决定男扮女装，潜入学校之中。最终，天和响顺利的得到了体育老师的工作，但这只是一切的开始，等待着他的，除了无尽的问题和挑战外，还有对他虎视眈眈的校长。
