小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
商纣时代，殷德衰微。子受辛荒淫无道，残害忠良。妖魔鬼怪喷涌而出，奸佞之徒横行世间，巍巍帝国随时有崩塌的危险。在陈塘关，总兵李靖的夫人一朝分娩，从肉团中生出了本领高强的哪吒。哪吒成长的过程中经历了无数的考验，也消灭了许多的妖怪和害人精，期间和石矶娘娘的战斗最为惊心动魄。另一方面，姜子牙跟随元始天尊学艺昆仑，他满师下山，恰巧赶上西伯侯姬昌被商纣王囚禁。纣王日夜宠信狐狸精变化的妲己娘娘，令国家黑白颠倒，危在旦夕。在风雨飘摇的时节，各路豪杰术士相继出马，上演了神怪大战的千古好戏…… 本片根据许仲琳的的古文小说《封神演义》改编。
住在深山老林里的老爷爷（地井武男 配音）一早进山砍竹子，结果竟在附近的一根发光的竹笋中发现了只有掌心大小的娃娃。没有子女的老爷爷兴奋不已，他双手捧着娃娃回到家中，而小家伙竟然在老奶奶（宫本信子 配音）的手中越变越大。之后的岁月里，舐犊情深的爷爷小心呵护他的公主（朝仓亚纪 配音），小女孩则以惊人的速度生长，她与村里的孩子们周游乡间，结识了诚实可靠的舍丸哥哥（高良健吾 饰），而一首莫名的歌曲却令她潸然泪下。老爷爷在山里先后发现金子和美丽布匹，他决心让公主过上贵族的生活，于是举家搬到了京城的豪宅中。公主超凡脱俗，貌美绝伦，从此“辉耀姬”的名字在京城贵族间广为传颂。然而美丽女孩的笑容渐渐退去，这似乎并不是她所向往的生活…… 本片根据日本民间传说《竹取物语》的故事改编。
突如其来的科技文明，让战争迷雾笼罩着九州大陆全境，魔法与科技的奇妙组合成为君王心中统御天下的王道。然而，从太古时期便销声匿迹的古老神符，它们诡秘的力量在历史尘埃的阴暗面里，悄无声息的操控着整个大陆的命运
21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
全作故事以莉莉安女子学园的传统为主轴，身为一年级新生的主角 福泽佑巳遇上了二年级的 小笠原祥子，两人在经历重重障碍后成为「姊妹」的关系。故事就围绕著学生会「山百合会」中的朋友和同学们展开。 而第四季的动画内容将紧接著第三季的结尾往后发展，也将忠於原作故事，另外，也确定了第二季的动画 DVD 将在 2009 年 2 月 25 日发售。 新加入的声优包括了 井上麻里奈、川澄绫子和 小山力也，分别饰演作品中的「内藤笙子」、「细川夕子」以及细川可南子的父亲。而原本就已有出演 鸟居江利子的声优 天生目仁美，也将担任新角有马菜菜的配音。
