六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
小熊（夜道雪 配音）是就读山梨县北杜市一所高中的女孩，性格内向的她在学校里沉默寡言，没有朋友，一直孤身一人。回到家中，小熊面对的也是空空的房间，没有任何亲人的存在。就是这样一个孤独的少女，在一次偶然中买下了一辆中古摩托车，这辆摩托车的存在很快就成为了小熊的心灵寄托，只要骑上它，小熊便感到自己是自由的，内心会绽放出无数小小的烟花。 礼子（七濑彩夏 配音）是班级里出了名的高岭之花，总是一副拒人于千里之外的样子，某天，礼子突然找到小熊，说希望能够看一看她的车。与此同时，惠庭椎（日冈夏美 配音）和惠庭慧海等人也因为各种机缘巧合而和小熊走到了一起，不知道从哪一天开始，孤独的生活告别了小熊。
特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。
