六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
修伊（小野大辅 配音）出身贵族，他爷爷是个热衷于收藏各种珍贵书籍的收书狂，死于意外后便留下一座古老的庄园和满屋子的藏书。爷爷的遗嘱写道，想要继承他的宅邸，条件就是继承丹特丽安的书架。修伊收信后造访宅邸，在地下室的书堆中遇到一名神秘少女达利安（泽城美雪 配音）。 因为调查爷爷死因，修伊来到了康拉德的宅邸，看到因幻书而引发的可怕景象。“幻书”即不该存在的梦幻之书，它蕴含着强大的禁断力量，能赐予读者无尽恩惠，但也会颠覆世界令其崩溃。封印幻书的，就是丹特丽安的书架。达利安命令修伊拿出钥匙，诵读咒文，她胸前的巨锁闪烁着金属光泽，原来少女达利安就是通往丹特丽安的书架的入口…… 本动画改编自作家三云岳斗的同名轻小说。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在四月十日，随着一场奇怪的大爆炸（空间震），意外的与一名身穿盔甲手持大剑的神秘少女相遇。这名少女的正是所谓的“精灵”，是会给世界带来灾难的存在，因此这名少女也正遭到对“精灵部队·AST”的攻击。于是，有着会去帮助有困难、有悲伤的人的温柔性格的士道，主动提出要与精灵进行交涉的任务，随后，士道发现了自己拥有的特殊体质，那就是可以通过接吻，来封印（吸收）精灵力量的能力，并且将精灵受到致命伤恢复再生的能力。
