人気PCゲームおよびそのTVアニメ版「らいむいろ戦奇譚」の続編であるTVアニメシリーズ。日露戦争のさなか、新たな敵ファーデン騎士団がロシア側に暗躍。日本軍は、乙女の魂が秘める超パワー""魂色（こんじき）""を具現化させる""らいむ隊""の新部隊結成を図る。5人の少女たちの指揮官かつ教師役となった熱血漢・犬養強志朗の活躍は？ 本作と同題で原作となるPCゲームもほぼ同時期に発売された。前作と異なり、自ら戦士となって戦う新男性主人公・強志朗の声は『機動戦士ガンダムOO』などでも活躍の吉野裕行が熱演。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
个性开朗同时又成熟稳重的阿红（小松未可子 配音）和弟弟清次（夏木淳弥 配音）过着相依为命的生活，两人共同经营着一件名为出云屋的古董店，店里所售卖的，全部都是有着上百年历史的老古董，时间的精华凝聚在这些古董上，使得这些看似普通的物品上被附着了名为“付丧神”的灵体，而这些付丧神们，会帮助将它们买回家的主人们解决遇到的种种问题。 沉默寡言性格非常冷漠的野铁（奈良彻 配音）、如同满月一般圆润，性格古板而又认真的月夜见（仲野裕 配音）、老成而又稳重的五位（平川大辅 配音）、美艳不可方物的公主（明坂聪美 配音），这些付丧神们在人类的悲喜前展现出了他们对于人生的不同见解。
学生会长国齐（鸟海浩辅 配音）外表平凡，神经大条，经常遭色狼骚扰而不自知。被任命为新一任的学生会副会长的知贺（杉田智和 配音）为了保护国齐，便担任起“保镖”一职，护送会长上学放学。在这期间，知贺渐渐发现自己好像爱上了会长，他情不自禁吻了他，二人的关系从此发生变化。 与此同时，一个神秘的入侵者潜入国齐家里，对他进行性侵犯。知贺及时赶到，救了国齐。对于国齐的遭遇，知贺感到后悔莫及，怪自己没有好好保护他。惊魂未定的国齐却掩盖了一个羞于启齿的事实：他把神秘人的侵犯当成了知贺的爱抚。以后他将如何面对知贺……
故事讲述漫威反派魔多客在他的公司A.I.M.破产之后，发现自己陷入了中年危机之中。
