东京港突然出现了超级怪兽度林卡。青年东光太郎挺身而出，孤身奋战击败了怪兽，得到赛特队重视，成为赛特队一员。再一次与怪兽战斗中，献出了生命，这时奥特之母将泰罗的生命给予了东光太郎，东光太郎亦因此成为泰罗奥特曼。
22接到游戏公司邀请，参与他们研发的虚拟现实游戏《盒中海》试玩。游戏世界里的南方沿海渔村，村民们把各家各户供奉的神像请上街来“游神”庆贺元宵。22和其他3名测试玩家发现一位未曾见过的女性神明“慈舟圣姑”。随着深入探查“慈舟圣姑”的来历，他们逐渐发现来自游戏外的人为篡改痕迹，有一个神秘的力量在潜移默化影响游戏里的npc。另一方面，22的妹妹33也在游戏外发现员工的蹊跷行为。居心叵测的公司企业、悄悄策划神秘仪式的npc渔民、还有似乎各怀秘密的同伴。一个多方势力交织的巨大阴谋渐渐浮出海面。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
宇宙中熊猫星球的太空熊猫为了保护熊猫星球与黑暗宇宙的天狼鼠大战，从而引发了宇宙大爆炸，随着宇宙大爆炸的能量旋窝，太空熊猫意外闯入地球，并结识地球上的小泰、小尚以及六福星球的啾啾马、哞哞牛、咩咩羊、咯咯鸡、汪汪狗、哼哼猪几个基因宝贝，大家在一起搞怪卖萌。 天狼鼠在宇宙大爆炸作用下变成了一块能量陨石跟随到了六福星球，后与黑精鼠合体后变成了基因怪兽，能力大增，他将太空熊猫分身解体。 大家为了挽救太空熊猫的五个分身，一起穿越时空，跨越金木水火土五个空间，大战黑精鼠和五大鼠王，最终获得胜利，告别基因宝贝六福星返回熊猫星球。
故事讲述约翰尼·里科(卡斯帕·凡·迪恩配音)降级发配到火星偏僻空间站，他本和士兵安稳培训，不料众人被一大批外星昆虫包围，战争一触即发。
