看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
讲述了蚩尤身为实力强大的兵主，肉身虽死但其神魂不散，传说千万年轮回后，人族中将有一人继承蚩尤兵主之魂一统山海界，打破黄帝设下的桎梏重返炎黄大陆。随着临海城一位名叫黎石的少年长大，兵主之魂显现，巫族和妖族暗流涌动，为称霸山海界正酝酿一场巨大的人间浩劫的故事。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
小春野白绢、凤薇薇安、诸星つぽみ虽然年龄不大，却拥有神奇的变身能力，可以变身为普通人20倍大的巨大战士，为保护东京与疯狂的怪兽们展开战斗。她们每次变身的时间只有3分钟，但就是在这短短的３分钟内，她们往往可以轻易的击败对手，及时制止罪案的发生……
