看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
泰迪•华斯比是一只出生在维罗尼亚的小熊，他善良可爱，聪明能干，富于冒险精神。他找到一张藏宝图，于是便和最好的朋友，八只脚的戈鲁比起程前往神秘莫测的未知国度格兰多。格兰多风景美丽，奇观繁多，这里还生活着许多人们前所未见的奇怪生物。华斯比他们很快结实了聪明的发明家牛顿•杰米克。在牛顿各种有趣发明的帮助下，格兰多每一个角落都留下了他们的欢声笑语。 当然，善良的另一面，邪恶如影随形。诡计多端，自视甚高的绿妖怪特维格经常不请自来，给华斯比他们的冒险增添了无数的刺激和乐趣。
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
电影分为三个可爱的小故事。 一天，在风景怡人的农场里，小猪、兔子和鸭子见到了一个人类的小宝宝。负责护送小宝宝的鹈鹕拜托三只小动物将宝宝平安的送到他的人类母亲的手中，就这样，三只有些脱线的动物踏上了旅途。 大坏狐狸一心想要将肥美的母鸡当做自己的盘中餐，无奈母鸡太过强大，狐狸根本不是她的对手。既然打不过母鸡，狐狸将“魔爪”伸向了母鸡正在孵的三枚鸡蛋，狐狸决定将这三只小鸡孵出来养大之后再把他们一一吃掉。然而，三只小鸡似乎将狐狸当成了他们的妈妈，亦以为他们自己也是狐狸。 圣诞节就快要来了，农场里的动物们都欢天喜地的准备迎接圣诞老人的到来。然而，鸭子和兔子却在一场意外之中“杀死”的圣诞老人。
