运动细胞极为发达但成绩却惨不忍睹的星麻美（伊藤美来 配音）、年龄虽小，但个性却十分好强，每一天都过得非常努力的樋口绘里（和气杏未 配音）、成熟稳重，容易沉浸到自己的世界里去的千金大小姐早乙女静乃（小木未侑 配音）、渴望成为偶像，却常常生活在幻想中的中二少女橘紫苑（长绳麻理亚 配音）、害羞腼腆，遇事情往往会往悲观方向想象，虽然表面看来非常的普通，却意外的拥有着抚慰人心的力量的平冈优（高尾奏音 配音）。 和这些可爱的女孩子们一起，面对着种类丰富的运动项目，让我们一起把身体动起来吧。
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
ファンタジー世界を舞台にした国家運営シミュレーションゲーム、『Eternal Nations』。 そこでユーザーランキング一位を獲得した伝説のプレイヤー、伊良拓斗は、入院中に意識を失う。 気が付くと拓斗は、まるでゲームの中のような世界、イドラギィア大陸に降り立っていた――。 そこに現れたのは、『Eternal Nations』で拓斗が最も愛用していたユニット、《汚泥のアトゥ》。 そこで拓斗は、ある決心をする。 「――僕たちの国を作ろう。僕と、君だけの王国を」 アトゥと共に、邪悪な国家である《マイノグーラ》を設立することを決めた拓斗。 個性豊かなダークエルフや英雄を国民とし、 この世界ではチートとも言えるゲームシステムを利用しながら、 大好きな内政に励むのだった。
