始主魔神创造了世界，追之有了火，水，木等魔神，而魔神又创造出骨。龙之骨是地球的守护之骨。身为一个平凡高中生的龙神翔悟，突然遭到了神秘敌人“黑暗战士”的袭击，而其目的就是为了获得“骨之卡”。而后，翔悟等年轻人开始肩负起了守护地球，并使用骨之卡变身成为“骨之战士”的使命。为何会有骨之卡？黑暗战士的真身究竟是什么？魔神又是怎样的存在？全新的传说，就此开始！
故事发生于东京，在全球最大体育盛事WSG即将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入其中，一场牵动国际目光的重大案件就此展开。
