在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
一只井底的青蛙威尔，来到人类的世界，冒充一名被施咒的王子，帮助城堡中的小公主苏菲亚粉碎皇叔班特的阴谋，成功继承皇位，成为女王。而自己也带着爱人萝拉回归井下，告诉同伴井外的世界很大很大。
我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
今作の舞台は、仙台のはずれにある小さな動物園“うぇいくあっぷがーるＺＯＯ！”。在亡の危機に瀕した園長の丹下は、飼育員松田に、新しい動物ユニットの発掘を命ずる。集められた７匹の猛獣たちの活躍によって動物園を復活させることはできるのか!?
森川由绮（平野绫 配音）是隶属于绪方事务所的大学生偶像歌手，外表可爱歌声甜美的她在社会上拥有着高超的人气。由绮有着一个从大学时代开始交往的男友，名叫藤井冬弥（前野智昭 配音），对于他们之间的感情，由绮分外的珍惜和看重。可惜冬弥却并不这么认为，对于女友日益高涨的人气，生性胆小懦弱的冬弥感到了分外的压力，两人之间开始有了深深的隔阂。 和由绮同一事务所的绪方理奈（水树奈奈 配音）出现在了冬弥的视线中。和由绮不同，理奈拥有着时尚的外形，个性也颇为要强，但正是这样的不同吸引了冬弥的目光。与此同时，开朗活泼的泽仓美咲（高本惠 配音），幼齿天真的观月麻奈（户松遥 配音）亦结连出现在了冬弥的身边，陷入情感漩涡的冬弥不知该何去何从。
