在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
生活在现代的青年——摩绪（MAO）。因"诅咒"而存活了 900 年的神秘阴阳师。生活在令和时代的女中学生黄叶菜花。幼年时遭遇事故，全家只有她一人幸存。某日，当菜花穿过那扇已成为事故现场的商店街大门时，误入妖怪横行的昭和年代。与摩绪相遇的菜花——“你这家伙，是妖怪吧。”被摩绪这么一说，菜花才意识到自己身体的异样。两人竟背负着相同的诅咒！！摩绪与菜花将直面连环"诅咒"的挑战！
