16岁的少年三栗智和在某个夜晚做了个奇怪的梦。在这个未曾见过的梦世界里，看到一个少女在和敌人战斗。在那个梦世界智和有着不可思议的力量，并给予少女那个力量来击退敌人。智和就在这种迷惑下醒来，并且感到吃惊的是，醒来后发现梦中出现的少女就出现在自己旁边。除了神秘的美少女“莫奈”以及生活在一起的堂姐妹千条七濑与千条九叶，还有就是从小青梅竹马的水月，现实在梦世界的战斗现在从这里开始！
高中三年级的筒井光是所谓的御宅族少年。 只要有游戏或动画里的二次元女生的话，感觉就能独自一人生活了……。 但，他突然被超绝3D（现实）美少女·五十岚色叶告白，并开始和她交往！ 在被奔放的色叶玩弄于股掌之间的同时，筒井逐渐爱上了她……。
艾可魔法少女由音乐，魔法，美少女三大元素构成，主要讲述了3位新海学院6年级的转学生，其实是来自神秘乐之世界的音乐魔法少女，她们在暗中对抗着邪恶的噪音魔王，悄悄的维护着世界的安宁与和平。
