《干支魂》是以十二生肖以及猫化的美少女们为故事主轴，描述拥有动物姿态、被干支神选上的使者“干支娘”们，将会透过每60年一次的干支神选拔赛“ETM 12”选出守护日本的神圣代表。而今年的她们为了成为干支神而聚集在秋叶原。在这之中，有位叫做“小喵”的猫型干支娘，因为跟老鼠的孽缘因而碰到连串悲惨际遇的她， 究竟最后是否能如愿成为干支神呢？小喵与干支神们的日常战斗生活就此展开！
水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
拥有独树一帜力量的战争之神——格雷。某一天，他一如往常地进入梦乡，醒来后却来到了充满各种魔法和怪物的新世界，转生成一位叫做「亚瑟」的孩子。无法追查上辈子死亡的真相，但比起活在过去，他不断努力适应这全新的生活。随着年龄的增长，亚瑟的能力也渐渐觉醒，并开启了与新伙伴的冒险…！
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
崇尚科技修仙的新术崛起，传承千年的修真旧术却逐渐没落，旧术天才小子王煊，意外加入神秘组织秘路，夺至宝、战新术、斗列仙、在一系列惊险刺激的冒险中，他窥探到旧术隐藏的大秘密。为应对即将降临的巨大危机，王煊不惜深入星空，挑战自己成长的极限。
物語は新たなステージへ── 『POP IN ２』のリリースから半年。 ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。 アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。 一方で、かなは以前の明るさを失っていた。 そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。 ────嘘を、武器にして。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
甚至连小差错也要酷酷地去做的惹人爱的男孩子们。虽然是很Cool、让人感觉有些难以接近，却又非常帅气的男孩子们。但是他们……全员都是冒失鬼！正是因为冒失，所以感觉没有距离感。正是因为冒失所以才可爱。
东京——『晓特区』。 这个国家新成立的经济特区预定地，将行政权让渡给了大企业『先岛Holdings』。围绕着仅适用于特区内的减税等权利，敌对企业策划种种阴谋，并最终爆发了大型暴动·晓抗争。内政荒废，先岛Holdings也解体。晓特区成为了国家自治也无从实现的无人管理地域。 有一群男人守护着化作无法地带的这座城市。 拥有封印着凶暴神兽之力的刺青「神圣刺青」的人类，通称为『SCARD』。他们各自拥有固有的特殊能力，以及能够将一切攻击无力化——如子弹在命中身体之前就被弹开，刀剑则会被粉碎——的防御力。 利用刺青能力守护城市的「赫利俄斯」、守护组织的「阿耳忒弥斯」、守护秩序的「公安特务」成为新兴势力，镇守于晓特区。 虽然微弱，但抗争仍在每天持续发生，即使如此他们仍然贯彻自身的「正义」。 他们在如此动荡当中生存——这是描绘他们理所当然日常的物语。
