《干支魂》是以十二生肖以及猫化的美少女们为故事主轴，描述拥有动物姿态、被干支神选上的使者“干支娘”们，将会透过每60年一次的干支神选拔赛“ETM 12”选出守护日本的神圣代表。而今年的她们为了成为干支神而聚集在秋叶原。在这之中，有位叫做“小喵”的猫型干支娘，因为跟老鼠的孽缘因而碰到连串悲惨际遇的她， 究竟最后是否能如愿成为干支神呢？小喵与干支神们的日常战斗生活就此展开！
拥有独树一帜力量的战争之神——格雷。某一天，他一如往常地进入梦乡，醒来后却来到了充满各种魔法和怪物的新世界，转生成一位叫做「亚瑟」的孩子。无法追查上辈子死亡的真相，但比起活在过去，他不断努力适应这全新的生活。随着年龄的增长，亚瑟的能力也渐渐觉醒，并开启了与新伙伴的冒险…！
叶修成立兴欣公会，在第十区的公会斗争中大获全胜，创纪录地50级杀入神之领域，银武千机伞吸引了众职业选手们注意。嘉世视叶修为眼中钉，进入网游挑衅，却被叶修狠狠挫败。 叶修开始为成立战队做准备——拾荒混战中，结识拾荒高手毁人不倦；遭到各大俱乐部通缉，却与蓝雨前队长魏琛重逢；卧底霸图公会，发掘出牧师小手冰凉的才能。就在叶修率领新成员们，为参加挑战赛而努力训练的同时，嘉世的赛绩竟一落千丈，濒临出局！ 一旦嘉世出局，便会成为兴欣踏入职业圈的最大劲敌！叶修与嘉世老板陶轩，两位旧友的矛盾一触即发！
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
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