故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
阿逗等人历经磨难，终于消灭了通天帮，但七号厨房却永远地被摧毁了，众人黯然之余，姜无牙却神神秘秘地向众人展示了自己发明设计的移动“厨房”，一架巨型飞艇。厨房众人收拾心情，乘坐飞艇，开始踏上了全新冒险之旅。
太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。 为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。
这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚 过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭 但人，神，魔三族共同战斗 作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来 接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半 二千年以后，世界始终和平安宁 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它 某一天 一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙 世界的均衡渐渐被打破 当巴哈姆特再次发出吼声之时 世界再次落入绝望的深渊 世界啊，毁灭吧！ 某个声音如此肯求着
