在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
在青州崭露头角的楚枫随青龙宗主李长青参加青州最高盛会百宗大会，与强悍霸道的凌云宗主燕扬天结仇。殊不知，百宗大会名为宗门比试，实为燕扬天的一场惊世阴谋。 随着实力的不断提升，楚枫领悟金、蓝双色神雷之力。然而，神雷之力意外惊动了沉睡多年的冰火双珠，好友苏柔苏美为救楚枫被双珠 夺舍，危在旦夕。为救好友，楚枫踏上万妖山寻宝之路，誓要以此救出紫袍界灵师妖猴王，搭救二苏。途中，楚枫结识皇朝少年姜无殇，重遇天赐神体又身世神秘的少女紫铃，并终于和名震天下的同宗师兄——“翼盟”创始人张天翼相认。最终，在蛋蛋、紫铃、姜无殇、张天翼等人的肝胆相照和自身实力的不断提升下，楚枫寻得修罗鬼斧、救出妖猴王、成功搭救二苏，识破凌云宗主燕扬天的阴谋，最终力挽狂澜、化解九州危机。并为解开自己的身份谜团，踏上更广大的东方海域......
随原作漫画第59卷DVD限定版同捆发售。
克莱恩（愚者）在灰雾之上召开塔罗会时，聆听到了新的祈求。他将祈求者戴里克从神弃之地白银城拉上灰雾，通过戴里克的讲述了解到了这个神秘城邦白银城的故事。戴里克希望愚者可以帮助自己，拯救白银城，愚者予以了正向回应，并让戴里克从22张塔罗牌中选择自己的那张，戴里克选择了“太阳”作为自己的代号。之后，“倒吊人”阿尔杰提出了自己的交易需求，需要“正义”奥黛丽运用自己的人脉尽可能的在鲁恩国首都贝克兰德收集海盗七将军之一——齐林格斯的信息。并希望能获得愚者的帮助杀了齐林格斯。为此奥黛丽结识了佛尔思、休这二位非凡者，帮助寻找齐林格斯。最终，克莱恩找到自己的老师阿兹克，并借他的力量帮助塔罗会的各位完成了此事。
过度认真的风纪委员樱大门每日的工作就是，负责开关校门与监督同学们的服装仪容。而他每次都会特别警告的问题学生，就是顶着染过的头发，又穿着迷你裙的小日向。本来很讨厌总是纠正自己的樱大门的小日向，意外地发现樱大门其实是个脑袋僵硬的可爱木头。不只如此，这个学校的委员会成员们个个都问题很大？风波趣事不断的校园生活热闹开演！
