故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
故事发生在戈加海的海底，在这里，居住着人鱼公主爱丽儿，爱丽儿是管理这片海域的统治者，虽然看遍了蕴藏在海底的各种宝藏，但有一样东西是爱丽儿没有看过的，那就是友谊树的果实。传说中，友谊树每隔千年才会结出一颗果实，不仅如此，通往友谊树的道路充满了艰难险阻，平常人绝对不可能抵达，所以，至今都没有人真正见过友谊树的果实长什么样。 塞拉是一名普通的人类女孩，她的母亲身患重病，于是，她通过一面神秘的墨镜来到了海底王国，在这里，塞拉遇见了爱丽儿，还和寻找时光宝石的辛西娅成为了好朋友，一行人踏上了旅途，他们的目的地只有一个，那就是友谊树所在的地方。
