四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
白小纯合并下游四宗成立逆河宗后，成功挑战中游三宗立稳脚跟，被上游星空道极宗天人指名做质子，开启第三季质子篇。
高中女生佐仓千代（小泽亚李 配音）的暗恋对象是与自己同年级的野崎君（中村悠一 配音），她鼓起勇气告白的结果居然是得到了他的亲笔签名。正当千代为自己的告白台词“我是你的粉丝”引起了误会而感到苦恼时，野崎君居然直接邀请千代回家。她又紧张又期待，谁知道等待着她的是一堆漫画原稿，她糊里糊涂地当起了漫画助手。千代这才知道，自己的心上人野崎君原来是知名少女漫画家。虽然作品以描绘细腻的少女心思著称，野崎君本人却意外地神经大条，而且完全没有恋爱经历。他的漫画角色原型来自身边的朋友，而这些“原型们”，尽是些极具反差萌的家伙。 本剧为同名TV动画的特典，故事依然围绕着七位萌点满满的主角的日常展开。
青青草原上的发明家们，在一场场新奇有趣的发明大对决中，认识到能够帮助别人的发明才是最强的发明。启发小朋友想象力、创造力，学会团结与友爱，一步步成长。
