中学时经历了100次失恋的爱城恋太郎，怀着“这次一定要在高中交到女朋友！”的心愿来到神社，现身的恋爱之神告诉他：“你在高中将会遇到100位命中注定之人。” 然而神明表示，遇到命运之人的人，如果无法与对方相爱并获得幸福，就会死去…… 接连不断出现的与命运之人的相遇——恋太郎会怎么做？100位女朋友又会有怎样的结局！？
你是外星人派还是幽灵派？又或者两个都信？原本分属两派的小桃和厄卡伦各自有了超自然奇遇，不可思议的大冒险就此展开！
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
