现代社会之中，校园欺凌事件屡禁不止，成为学校和社会的难题。身材肥胖个性内向的有田春雪（梶裕贵 配音）便是长期欺凌的受害者。性格懦弱的春雪无法反抗欺凌者，唯有躲在网络之后，靠玩躲避球游戏来发泄愤怒。一来二去之间，春雪竟然成为了校园内躲避球游戏得分第一位。 有着“黑雪公主”之称的学生会副会长黑雪姬（三泽纱千香 配音）出现在了春日的面前，黑雪姬不仅制止了对于春雪的欺凌，更邀请他进入了名为“Brain Buster”的方程式，在其中，春日化身成为拥有千倍思考速度的超频连线者，被卷入了激烈的战斗之中。黑雪姬召集春日等人的目的只有一个，那就是重组昔日“黑之王”的军团。
“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
「……原来我，可以活着呀。」 明明能力值为零，却被选进勇者小队的芙兰姆。 唯一拥有的是种名为「翻转」的莫名能力。 果不其然，虽在战斗中完全派不上用场，仍不气馁努力为小队奉献。 然而队中一位赫赫有名的天才贤者吉恩却看她不顺眼，不只动不动就找碴，最后甚至硬是把她卖给了奴隶商人。 在奴隶商会内受尽折磨的芙兰姆，某天为了娱乐目的，即将沦为怪物的大餐。 没想到，当她举起号称一拿到手就会将身体融化的「诅咒大剑」瞬间—— 她的人生急遽翻转。
普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
