阿逗等人历经磨难，终于消灭了通天帮，但七号厨房却永远地被摧毁了，众人黯然之余，姜无牙却神神秘秘地向众人展示了自己发明设计的移动“厨房”，一架巨型飞艇。厨房众人收拾心情，乘坐飞艇，开始踏上了全新冒险之旅。
讲述了“第二模式”app，是一款能让人拥有超能力的软件。性格懦弱的高中生叶秋的无意之中收到了试玩邀请，获得了听见心声的能力，而他的妹妹叶紫也因为被变态杀人狂袭击而受了重伤。叶秋决定用“第二模式”知道对方心声的能力查出真凶。拥有能力的还有艾思和陈子墨。
这部动画巨制以独特的视角向你讲述明朝“土木堡之变”时期，一直守护成吉思汗“天武圣宝”宝藏的护宝一族一夜之间被屠杀殆尽后，侥幸生还的护宝一族少主乌云宗寻找仇家，追寻宝藏，并一路与伙伴和仇家之间上演的一场关于追寻和成长、爱情与友情、阴谋与背叛的精彩故事。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
影片的设定图也一同曝光。本片是为纪念《小魔女DoReMi》推出20周年而推出，由原动画版原班人马制作。
