在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
ここが、私たちの居場所だから 数千を超える学校で形成された巨大な学園都市「キヴォトス」。 ここでは銃を手にした生徒たちの諍いが、日常的な風景になっている。 その中で、砂に包まれた「アビドス高等学校」は廃校の危機に瀕していた。 状況を脱すべく奮闘する「対策委員会」の5人の生徒が、 「先生」と呼ばれる“大人”と出会い、物語は動き始める。
「……原来我，可以活着呀。」 明明能力值为零，却被选进勇者小队的芙兰姆。 唯一拥有的是种名为「翻转」的莫名能力。 果不其然，虽在战斗中完全派不上用场，仍不气馁努力为小队奉献。 然而队中一位赫赫有名的天才贤者吉恩却看她不顺眼，不只动不动就找碴，最后甚至硬是把她卖给了奴隶商人。 在奴隶商会内受尽折磨的芙兰姆，某天为了娱乐目的，即将沦为怪物的大餐。 没想到，当她举起号称一拿到手就会将身体融化的「诅咒大剑」瞬间—— 她的人生急遽翻转。
海底小纵队是一群活跃在海底的小小冒险家。小纵队集结了皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）等7名伙伴，在核心成员巴克队长（北极熊）的带领下向着未知的海域不断探索前进。 在本次电影的探险中，一座火山突然喷发，突然唤醒了太平洋海底的几百座火山组成的 “火焰之环”，这一突发性事件迅速演变成了一场全球范围的大灾难。 即将集体爆发的火山群时刻威胁着被海啸冲上岸的角岛鲸、生活在火山群岛的帽带企鹅、小纵队维修站的设备、海洋农庄里植物鱼种下的粮食……更不用说那些常年居住在火山口的动植物们！ 海底小纵队的成员们必须在太平洋海域分头行动，分秒必争，全力救助那些生活在火山周围的奇异海洋生物们。
“坂本耕作”因母亲去世而变成了孤独一人，只好听从母亲的遗言，投靠母亲生前的老朋友－大空家。但大空家的主人大空自豪，偏偏刚好是“关东无恶不作联盟。关东大空组”的组长。在耕作感到人身安全堪虑，而打算逃跑之际，一位美少女突然出现在耕作面前，于是一见钟情的耕作，便决定继续留在大空家生活，不过好戏才正要登场....
耕作最初见到的美少女，其实是身为男人的大空家长子—云雀。燕子、闭与和麻雀三姊妹，才是大空家里真正的美人。云雀在学校扮女人的秘密，整个家族内没有人不知道，但云雀不但表现出喜欢耕作的样子，还积极地展开了追求行动。耕作和云雀引起的骚动，每天不断地持续上演着，让人连休息的闲暇都没有....
季節は過ぎ、もうすぐ二度目の春――。 劣等生の兄と、優等生の妹。ふたりの魔法科高校での生活は、その一学年目を終えようとしていた。 達也、そして深雪たちは春休みを利用して、小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。 束の間の休息に羽根を伸ばす達也たち。 しかし、そんな達也たちの前にひとりの少女“九亜”が現れる。海軍基地から脱走してきたその少女は達也にひとつの願いを告げる――。
