《黑子的篮球》故事主要围绕两位主人公——被誉为第六位“奇迹世代”的黑子哲也以及从美国归来的天才篮球选手火神大我展开，两人在球场上市光与影的搭档。相遇后的他们将挑战其他五位“奇迹世代”。
市川京太郎是个沉迷于《杀人大百科》和《解剖图鉴》这类书籍、中二病病入膏肓的男生。就在市川沉浸于自己安静的世界时，班上的风云人物·山田杏奈突然闯了进来！她在图书室狼吞虎咽地吃御饭团，或是哼着小曲儿。有时又突然凑得很近……面对山田难以预测的言行，市川虽然困惑不已，却不知不觉间满脑子都是山田的身影了。另一方面，山田也在与市川交谈的过程中，逐渐对他的存在在意起来──。 第一次体会到的“喜欢”这种心情。无论是擦肩而过的误会，还是笨拙的心意，两人都一一跨越，彼此的距离虽然缓慢，却无比坚定地逐渐拉近了。
八坂一（三瓶由步子 配音）是一个普通的少年，每年夏天，他都要借宿于祖父位于海边的老宅。这一年是注定不平凡的一年，在方舟咖啡馆里，阿一遇见了令他一见钟情的女子——岚山岚（白石凉子 配音）。岚亮丽的外表和开朗的性格吸引着阿一的注意，但更重要的是，当阿一和岚的双手相触之时，他们居然穿越回了古代的日本！ 原来，岚的实体在二战时期早已死去，现在出现在阿一面前的，是一种被称之为“幽灵体”的存在，当幽灵体遇到了特定的人物时，便能够激活其穿越时间的能力。在咖啡馆里，越来越多的幽灵体聚集在了一起，在她们对于往昔的思念和忧伤之中，岚和阿一发展出了一段超越了时空的爱恋。
