这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
八万年前，一代至尊星辰大帝被自己的妻子红尘仙女暗害而亡；八万年后，大帝神魂意外重生在了清风帝国天星学院的废物杨尘身上。然而原主的身世卑微，不过一介家仆之子，一直被家中大少爷欺压。继承原主因果的杨尘，借炼丹师上门主家做客之机，以大帝的底蕴眼界，开始在炼丹师群体中刷新声望，借力打力，为自己撑起了初期的庇护网。 立足稍稳的杨尘，为了体会八万年的世间变化，起初仍蛰伏在天星学院中默默提升实力。不过十分巧合地，他发现自己的同学中，居然有八万年前义子的孙辈。在辗转与义子相认，了解到八万年的世间种种后，杨尘坚定了向红尘仙女复仇的决心。决心独自踏上复仇之路的杨尘，为了不留下遗憾，开始以天星学院为起点，横扫帝国的沉疴痼疾，为自己此世的亲朋创造一个稳定和谐的家园。
高中男生英雄，有两位可爱的青梅竹马！虽然她们没有那个意思，但如果被她们发现只有我一个人用色色的眼光看待已经长大的她们……太羞耻了！性格各异的两个女生总会在“不经意间”与英雄发生意想不到的“碰撞”。各怀秘密的三人就这样上演着一出出甜蜜而焦躁的三角关系爱情喜剧♡
《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。 夏天结束后，新学期开始了 许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着… 池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系 还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜… 但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感 在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…
