小羊们被卷入一个毁灭世界的惊天阴谋，穿梭在混乱的时间轴里，拯救被扰乱的时空。在这一次的冒险中，他们穿梭历史，回到过去，帮助一个个受到影响的老朋友，更在这一过程里，发现一些当年隐藏在背后的真相，在逐步接近的灭世危机中，小羊们该如何保护眼前的朋友们呢？
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
原作是一部以幼儿园为舞台的恐怖动作漫画。小伽椰是幼儿园有名的问题儿童，但是被委托照顾她的千枝老师，却知晓了她隐藏的能力……
散华礼弥（内田真礼 配音）本该是一个快乐活泼的女孩，可是与亡母过分想象的外貌激发了父亲散华团一郎（石冢运升 配音）超限度的溺爱和束缚，这让礼弥感到痛苦万分，甚至因此而失足从悬崖上摔落而死。没想到，礼弥的死却促成了她和偶然间邂逅的少年降谷千紘（木村良平 配音）之间的一段缘分。为了使爱猫复活，对僵尸极其狂热的降谷研发了一种怪异的药剂，他将这种药剂用在了已死的礼弥身上，没想到，礼弥居然以僵尸的形式重生了。 就这样，僵尸礼弥顺其自然的成为了降谷家的寄宿者，而为了使礼弥能够重新成为普通的女孩，降谷开始为了研究新的药剂而开始了奔波。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……
