天地是万物众生的客舍，光阴是古往今来的过客。苍天残面张开诡异之眼，所视之处生灵涂炭，化为永恒的禁区。末世之中，因果随行，死地后生。
作为忍者后裔被祖父抚养长大、拥有与动物对话能力的高中生·我妻二郎，某日在森林中遇见了受伤倒地的黑猫·罗睺。 看似普通的黑猫罗睺，其真实身份竟是曾被称为“黑色凶星”的传说级怪物？！ 企图利用罗睺强大力量的怪物暗影悄然逼近…… 与此同时，负责监视与清除怪物的国家秘密组织“公仪隐密局”也介入其中。 在各方势力围绕罗睺之力展开激烈角逐的漩涡中，二郎与罗睺所展现的“觉悟”究竟是—— 由怪物与少年相遇开启的“忍”之战， 此刻正式拉开帷幕——！！！
故事讲述了青梅竹马之间、学生会长与不良少女之间、前辈与后辈之间、同学之间等多种不同角色的恋爱群像剧。
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
